系统架构

整体架构

┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                          用户层                                   │
│              Web界面 / 移动端 / API客户端                          │
└─────────────────────────┬────────────────────────────────────────┘
                          │
                          ▼
┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                        Nginx (可选)                               │
│                    反向代理 / SSL / 静态资源                       │
└─────────────────────────┬────────────────────────────────────────┘
                          │
                          ▼
┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                      FastAPI 应用服务                             │
│                       (Uvicorn/Gunicorn)                         │
├──────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  ┌──────────┐  ┌──────────┐  ┌──────────┐  ┌──────────┐         │
│  │ 认证模块 │  │ 16S分析  │  │ 多组学   │  │ 体检报告 │         │
│  │ JWT/OAuth│  │ DADA2    │  │ DIABLO   │  │ OCR解析  │         │
│  └──────────┘  └──────────┘  └──────────┘  └──────────┘         │
├──────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  ┌──────────┐  ┌──────────┐  ┌──────────┐                       │
│  │ LLM服务  │  │ 缓存服务  │  │ 文件存储  │                       │
│  │ Ollama   │  │ Redis    │  │ Local/S3 │                       │
│  └──────────┘  └──────────┘  └──────────┘                       │
└──────────────────────────────────────────────────────────────────┘

目录结构

bioinfo-system-new/
├── main.py                 # 应用入口
├── config.py               # 配置文件
├── routers/                # API路由
│   ├── auth.py            # 认证路由
│   ├── api.py             # API路由
│   └── ...
├── services/               # 业务逻辑
│   ├── analysis/          # 分析服务
│   ├── llm/               # LLM服务
│   └── storage/           # 存储服务
├── models/                # 数据模型
├── static/                # 静态文件
├── templates/             # HTML模板
├── data/                  # 数据目录
│   ├── uploads/          # 上传文件
│   ├── results/          # 分析结果
│   └── models/           # 模型文件
└── docs_site/            # 文档站点
    └── docs/             # 文档源文件

核心模块

1. 认证模块

• JWT Token 认证
• OAuth 2.0 支持
• 限流中间件
• 安全头设置

2. 16S 分析模块

• DADA2 流程
• QIIME2 集成
• 物种注释
• 多样性分析

3. 多组学整合模块

• 报告自动识别
• LLM 智能解读
• DIABLO/MOFA 整合
• 健康方案生成

4. LLM 服务

• Ollama 本地模型
• MiniMax 云端模型
• 多模型路由
• 降级策略

数据流

用户上传 → 文件验证 → 存储 → 任务队列 → 分析处理 → 结果存储 → 报告生成
   │                                              │
   └───────────── 通知用户 ◄──────────────────────┘

技术栈

层级	技术	说明
后端	FastAPI	高性能 API 框架
数据库	SQLite/PostgreSQL	关系型数据
缓存	Redis	缓存和队列
LLM	Ollama/MiniMax	大语言模型
前端	HTML/JS	Jinja2 模板
部署	Docker/Systemd	容器化/服务化

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