16S 分析流程详解

流程概览

QC → 拼接 → 去噪 → 过滤 → 注释 → 统计 → 可视化

详细步骤

1. 质控 (Quality Control)

使用 FastQC 检查原始数据质量：

fastqc sample_R1.fastq.gz sample_R2.fastq.gz -o qc_output/

2. 拼接去噪 (DADA2)

# DADA2 核心参数
params = {
    "trimLeft": 10,      # 左侧截断
    "trimRight": 10,     # 右侧截断
    "maxEE": 2,          # 最大预期误差
    "truncQ": 2,         # 截断质量
    "minLen": 50,        # 最小长度
    "maxLen": 250,       # 最大长度
}

3. 物种注释

使用 SILVA 或 Greengenes 数据库：

assign_taxonomy = assignTaxonomy(
    seqs,
    refFasta="silva_nr_v138_train_set.fa",
    minBoot=80
)

4. 多样性分析

α多样性 (样本内): - Shannon - Simpson - Chao1 - Observed ASVs

β多样性 (样本间): - Bray-Curtis - UniFrac (加权/非加权)

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