Optimization log
1| 1|# 系统优化日志
2| 2|
3| 3|> 自动生成,请勿手动修改
4| 4|
5| 5|## 优化记录
6| 6|
7| 7|### 2026-06-01 18:03:00
8| 8|- **磁盘状态**: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
9| 9|- **数据目录**: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
10| 10|- **服务状态**: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200
11| 11|- **数据库维护**: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0
12| 12|- **缓存清理**: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存使用 1.07M, 0 个 key
13| 13|- **日志压缩**: 无超过7天的 .log 文件需压缩, 无超过30天的 .log.gz 需删除
14| 14|- **临时清理**: 无超过7天的 __pycache__/.pyc, 无超过30天的 /tmp/bioinfo_* 文件
15| 15|- **数据库备份**: SQLite 备份已创建 bioinfo.db.bak.202606011803, 旧备份已清理
16| 16|- **文件完整性**: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
17| 17|- **文档站状态**: MkDocs build 成功 (1.15s)
18| 18|
19| 19|### 2026-06-01 22:01:00
20| 20|- **磁盘状态**: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
21| 21|- **数据目录**: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
22| 22|- **服务状态**: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200
23| 23|- **数据库维护**: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, 最大表 samples_16s(24行)
24| 24|- **缓存清理**: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存使用 1.07M, 0 个 key
25| 25|- **日志压缩**: 无超过7天的 .log 文件需压缩, 无超过30天的 .log.gz 需删除
26| 26|- **临时清理**: 无超过7天的 __pycache__/.pyc, 无超过30天的 /tmp/bioinfo_* 文件
27| 27|- **数据库备份**: SQLite 备份已创建 bioinfo.db.bak.202606012201, 保留4份最新备份
28| 28|- **文件完整性**: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
29| 29|- **文档站状态**: MkDocs build 成功 (1.16s)
30| 30|
31| 31|### 2026-06-01 20:02:00
32| 32|- **磁盘状态**: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
33| 33|- **数据目录**: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
34| 34|- **服务状态**: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200
35| 35|- **数据库维护**: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0
36| 36|- **缓存清理**: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存使用 1.07M, 0 个 key
37| 37|- **日志压缩**: 无超过7天的 .log 文件需压缩, 无超过30天的 .log.gz 需删除
38| 38|- **临时清理**: 无超过7天的 __pycache__/.pyc, 无超过30天的 /tmp/bioinfo_* 文件
39| 39|- **数据库备份**: SQLite 备份已创建 bioinfo.db.bak.202606012001, 保留3份最新备份
40| 40|- **文件完整性**: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
41| 41|- **文档站状态**: MkDocs build 成功 (1.14s)
42| 42|
43| 43|### 2026-06-01 16:02:00
44| 44|- **磁盘状态**: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
45| 45|- **数据目录**: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
46| 46|- **服务状态**: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200
47| 47|- **数据库维护**: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0
48| 48|- **缓存清理**: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存使用 1.09M, 0 个 key
49| 49|- **日志压缩**: 无超过7天的 .log 文件需压缩, 无超过30天的 .log.gz 需删除
50| 50|- **临时清理**: 无超过7天的 __pycache__/.pyc, 无超过30天的 /tmp/bioinfo_* 文件
51| 51|- **数据库备份**: SQLite 备份已创建 bioinfo.db.bak.202606011602
52| 52|- **文件完整性**: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
53| 53|- **文档站状态**: MkDocs build 成功 (1.13s)
54| 54|
55|### 2026-06-02 00:03:38
56|- **磁盘状态**: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
57|- **数据目录**: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
58|- **服务状态**: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200
59|- **数据库维护**: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, 最大表 samples_16s(24行)
60|- **缓存清理**: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存使用 1.09M, 0 个 key
61|- **日志压缩**: 无超过7天的 .log 文件需压缩, 无超过30天的 .log.gz 需删除
62|- **临时清理**: 无超过7天的 __pycache__/.pyc, 无超过30天的 /tmp/bioinfo_* 文件
63|- **数据库备份**: SQLite 备份 bioinfo.db (空占位) 保留3份 (Jun 01 18:03/20:01/22:01), PostgreSQL 为主库
64|- **文件完整性**: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
65|- **文档站状态**: MkDocs build 成功 (1.14s), user/index.md 1个非阻塞 nav 警告
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68|### 2026-06-02 02:03:38
69|- **磁盘状态**: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
70|- **数据目录**: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
71|- **服务状态**: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200, API OK, model=MiniMax-M2.7
72|- **数据库维护**: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, 最大表 samples_16s(24行)
73|- **缓存清理**: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存使用 1.07M, 0 个 key, 2 个连接
74|- **日志压缩**: 压缩 1 个文件 (docs_watchdog.log → .gz), 无超过30天的 .log.gz 需删除
75|- **临时清理**: 无超过7天的 __pycache__/.pyc, 无超过30天的 /tmp/bioinfo_* 文件
76|- **数据库备份**: SQLite 备份 bioinfo.db (空占位) 保留3份 (Jun 01 18:03/20:01/22:01), PostgreSQL 为主库
77|- **文件完整性**: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行, routers/*.py 共 11547 行
78|- **文档站状态**: MkDocs build 成功 (1.14s), user/index.md 1个非阻塞 nav 警告
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80|### 2026-06-02 04:17:44
81|- **磁盘状态**: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
82|- **数据目录**: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
83|- **服务状态**: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200
84|- **数据库维护**: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, 最大表 samples_16s(24行)
85|- **缓存清理**: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存使用 1.07M, 0 个 key, 2 个连接
86|- **日志压缩**: 无超过7天的 .log 文件需压缩, 无超过30天的 .log.gz 需删除
87|- **临时清理**: 无超过7天的 __pycache__/.pyc, 无超过30天的 /tmp/bioinfo_* 文件
88|- **数据库备份**: SQLite 备份 bioinfo.db (空占位) 保留3份, PostgreSQL 为主库
89|- **文件完整性**: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
90|- **文档站状态**: MkDocs build 成功 (1.15s), user/index.md 1个非阻塞 nav 警告
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93|### 2026-06-02 06:03:11
94|- **磁盘状态**: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
95|- **数据目录**: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
96|- **服务状态**: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers @端口 8000), /health 返回 200
97|- **数据库维护**: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 全部表死元组为 0 (samples_16s 24 行, reports 3 行)
98|- **缓存清理**: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存 1.07M, 0 keys, 2 个连接 (项已自动过期)
99|- **日志压缩**: 无 7 天以上的 .log 文件需压缩, 现有 .log.gz 2 份均未达 30 天删除线
100|- 临时清理: 无 7 天以上的 pycache/.pyc, 无 30 天以上的 /tmp/bioinfo_ 文件
101|- 数据库备份: SQLite 备份 (0 字节占位) 跳过新建, 保留最近 3 份历史备份, PostgreSQL 为主库
102|- 文件完整性: main.py 2592 行, services/.py 共 19481 行
103|- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.14s), 存在 user/index.md 非阻塞 nav 警告
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105|### 2026-06-02 08:03:10
106|- 磁盘状态:根分区 296G 已用 200G (71%),剩余 84G;/home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/ 占用统计:qynode_pdfs=137M, 16s_analysis=115M, reports=85M(其余 < 200K),无爆盘风险
107|- 服务状态:uvicorn 进程存活(PID 563613,运行 4 天),/health 返回 200,状态 healthy,模型 MiniMax-M2.7
108|- 数据库维护:PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行成功;死元组统计全为 0(reports=3 行 / samples_16s=24 行 活跃),无明显膨胀
109|- 缓存清理:调用 /api/v1/system/cache/cleanup 清理 0 项(无过期);/cache/stats 显示 Redis 后端,内存 1.07M,0 keys
110|- 日志压缩:本次压缩 0 个(无 > 7 天的 .log),删除 0 个旧 .gz(无 > 30 天的);当前 .log=3 个, .log.gz=1
111|- 临时清理:pycache 0 个, .pyc 0 个, /tmp/bioinfo_ 0 个(系统较新,无过期临时文件)
112|- 数据库备份:bioinfo.db 已备份至 bioinfo.db.bak.202606020802,保留最近 3 份
113|- 文档站状态:MkDocs 构建成功,1.15 秒完成;非阻塞警告:user/index.md 未包含在 nav 中
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116|### 2026-06-02 10:00:30
117|- 磁盘状态: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G(健康,< 90% 阈值)
118|- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M), 其余均 < 200K
119|- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers @端口 8000), /health 返回 HTTP 200
120|- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, samples_16s 24 行, reports 3 行(活跃数据正常)
121|- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项(正常,缓存已自动过期), Redis 1.09M 内存, 0 keys, 2 连接存活
122|- 日志压缩: 压缩 0 个文件(无 7 天+ 待压缩 .log), 0 个 .log.gz 待删除, 总保留 2 个 .gz
123|- 临时清理: 0 个 pycache 目录, 0 个 .pyc 文件, 0 个 /tmp/bioinfo_ 待删除
124|- 数据库备份: SQLite 主库 0 字节占位(主库是 PostgreSQL),跳过新建备份,保留 3 份历史 .bak 文件不变
125|- 文件完整性: main.py 2592 行, services/.py 共 48 个文件 19484 行(结构正常)
126|- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.14s, 警告: user/index.md 未在 nav 中, 已知遗留)
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128|### 2026-06-02 12:01:50
129|- 磁盘状态: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
130|- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
131|- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers @端口 8000), /health HTTP 200 返回 healthy (api_ok=true, model=MiniMax-M2.7)
132|- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0 (samples_16s 24 行, reports 3 行)
133|- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项 (cleaned:0, 正常 — 缓存项已自动过期), Redis 后端内存 1.07M, 0 keys, 2 连接
134|- 日志压缩: 0 个文件压缩 (无 7 天+ 未压缩 .log), 0 个 30 天+ .log.gz 需删除 (系统已自动轮转)
135|- 临时清理: 0 个 pycache 删除, 0 个 .pyc 删除, 0 个 /tmp/bioinfo_ 删除 (无 7 天/30 天+ 临时文件)
136|- 数据库备份: SQLite (0 字节占位) 跳过新建备份, 保留 3 份历史备份 (202606012201, 202606012001, 202606011803)
137|- 文件完整性: main.py 2592 行, services/.py 共 48 个文件 (最大 wgs_pipeline 621, statistical_integration 612, workflow_engine 527)
138|- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.15s)
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141|### 2026-06-02 14:02:35
142|- 磁盘状态: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
143|- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
144|- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers, --log-level info), /health 返回 200 (status: healthy, models: [MiniMax-M2.7], v2.5.0)
145|- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 7 张表死元组 0 (最大 samples_16s 24 行, analyses_16s 18 行, users 5 行)
146|- 缓存清理: API 返回 cleaned=0 (无过期项), Redis 内存 1.07M, 0 keys, 2 connected clients, backend=redis
147|- 日志压缩: 0 个新压缩 (无 7 天+ .log), 0 个删除 (无 30 天+ .log.gz), 当前 .log=3, .log.gz=1
148|- 临时清理: 0 个 pycache, 0 个 .pyc, 0 个 /tmp/bioinfo_ (系统干净, 无积压)
149|- 数据库备份: SQLite (0 字节占位) 跳过新建, 旧备份修剪后保留 3 份
150|- 文件完整性: main.py 2592 行, services/.py 共 19481 行 (最大 wgs_pipeline 621, workflow_engine 527)
151|- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.14s, 警告: user/index.md 未纳入 nav)
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154|### 2026-06-02 16:04:10
155|- 磁盘状态: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
156|- 数据目录: 137M /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/qynode_pdfs | 115M /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/16s_analysis | 85M /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/reports
157|- 服务状态: uvicorn 运行正常 (1 进程), /health 返回 200
158|- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0
159|- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 1.09M, 0 keys
160|- 日志压缩: 压缩 0 个文件, 无超过30天的 .log.gz 需删除
161|- 临时清理: 无超过7天的 pycache/.pyc, /tmp 无 bioinfo_ 待清理
162|- 数据库备份: skipped (0-byte placeholder), 保留 3 份最新备份
163|- 文件完整性: main.py 2592 行, services/.py 共 19481 行
164|- 文档站状态: MkDocs build 成功
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167|### 2026-06-02 18:11:29
168|- 磁盘状态: Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on | /dev/vda2 296G 200G 84G 71% / | /dev/vda2 296G 200G 84G 71% /
169|- 数据目录 Top 5: 137M /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/qynode_pdfs | 115M /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/16s_analysis | 85M /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/reports | 160K /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/health_profiles.json | 36K /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/analysis_results
170|- 服务状态: uvicorn ubuntu 563613 0.0 0.0 32044 23136 ? Ss May29 1:47 /home/ubuntu/bioinfo-system-new/.venv/bin/python -m u; /health HTTP 200
171|- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成; 死元组检查: schemaname | relname | n_live_tup | n_dead_tup | ------------+------------------+------------+------------ | public | reports | 3 | 0 | public | samples_
172|- 缓存清理: cleanup→ {"cleaned":0,"message":"已清理 0 个过期缓存项"}; stats→ {"memory_items":0,"memory_limit":1000,"redis_enabled":true,"enabled":true,"backend":"redis","redis_memory_used":"1.09M","redis_connected_clients":2,"redis_total_keys":0}
173|- 日志压缩: 压缩 0 个: [无]; 删除 0 个旧 .gz: [无]; 近1天 .gz 计数 0
174|- 临时清理: 删除 pycache 0 个 [无]; 删除 .pyc 0 个; 删除 /tmp/bioinfo_ 0 个 [无]
175|- 数据库备份: skipped (db is 0-byte placeholder, size=0); 当前保留 3 份
176|- 文件完整性: 2592 /home/ubuntu/bioinfo-system-new/main.py; services 末行: 19481 total
177|- 文档站状态: 步骤9 mkdocs build: 成功 — INFO - Cleaning site directory
178|INFO - Building documentation to directory: /home/ubuntu/bioinfo-system-new/docs_site/site
179|INFO - The following pages exist in the docs directory, but are no
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181|### 2026-06-02 20:02:05
182|- 磁盘状态: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G ✅
183|- 数据目录 TOP3: qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
184|- 服务状态: uvicorn PID 563613 稳定运行 (May29 启动, 1:49 CPU), /health 返回 200 ✅
185|- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成; 死元组 0; 活跃表 samples_16s(24行), reports(3行) ✅
186|- 缓存清理: cleanup→ {"cleaned":0,"message":"已清理 0 个过期缓存项"}; stats→ {"memory_items":0,"redis_memory_used":"1.09M","redis_connected_clients":2,"redis_total_keys":0,"backend":"redis"} ✅
187|- 日志压缩: 压缩 0 个 .log (无 7天+ 待压缩); 删除 0 个旧 .gz (无 30天+ .gz); 近1天 .gz 计数 0 ✅
188|- 临时清理: 删除 pycache 0 个 [无]; 删除 .pyc 0 个; 删除 /tmp/bioinfo_ 0 个 [无] ✅
189|- 数据库备份: skipped (db is 0-byte placeholder, size=0); 当前保留 3 份 (bioinfo.db.bak.202606012201, .202606012001, .202606011803) ✅
190|- 文件完整性: main.py 2592 行; services/.py 49 个文件, 共 19481 行 ✅
191|- 文档站状态: 步骤9 mkdocs build 成功 (1.18s) ✅
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193|### 2026-06-02 22:01:04
194|- 磁盘状态: / 使用率 71% (200G/296G), 可用 84G
195|- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
196|- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200
197|- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, 最大表 samples_16s(24行) + reports(3行)
198|- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 后端 1.09M 内存, 0 个 key, 2 客户端连接
199|- 日志压缩: 无超过7天的 .log 文件需压缩, 无超过30天的 .log.gz 需删除
200|- 临时清理: 无超过7天的 pycache/.pyc, 无超过30天的 /tmp/bioinfo_ 文件
201|- 数据库备份: SQLite 备份已轮转, 保留最新3份 (bioinfo.db.bak.202606011803/2001/2201)
202|- 文件完整性: main.py 2592 行, services/.py 共 19481 行
203|- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.17s)
204|
205|### 2026-06-03 00:02:05
206|- 磁盘状态: / 200G/296G (71%), 可用 84G | Top data: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M
207|- 服务状态: uvicorn PID 563613 正常, /health HTTP 200
208|- 数据库维护: VACUUM ANALYZE 完成, 死元组 0, samples_16s 24 行
209|- 缓存清理: 清理 0 个过期项, Redis 1.07M, 0 keys, 2 连接
210|- 日志压缩: 压缩 0 个 .log, 删除 0 个旧 .log.gz (无候选)
211|- 临时清理: pycache 0, .pyc 0, /tmp/bioinfo_ 0 (无候选)
212|- 数据库备份: db 0 字节占位, 跳过新建; 现存 3 份旧备份 (202606012201/202606011803/202606012001)
213|- 文件完整性: main.py 2592 行, services/.py 48 文件共 38952 行
214|- 文档站状态: MkDocs build rc=0
215|
216|### 2026-06-03 02:30:07
217|- 磁盘状态: 总 296G,已用 200G (71%),可用 84G;bioinfo-system-new 整体 4.1G;/home/ubuntu 最大占用是 miniconda3 (17G)
218|- 服务状态: ✅ uvicorn 运行中 (PID 563613,2 workers) ;/health=200, /docs=200, / = 302;版本 v2.5.0,模型 MiniMax-M2.7
219|- 数据库维护: ✅ PostgreSQL 容器运行 6 天,db_size=9.4MB,无死元组,VACUUM ANALYZE 已执行
220|- 缓存清理: ✅ /api/v1/system/cache/cleanup 返回 0 项(无过期);Redis 启用,1.09M 占用,0 keys
221|- 日志压缩: 3 个 .log 文件 + 2 个 .gz 归档,本次无新压缩(7天+ 阈值为空),30天+ 旧归档为 0
222|- 临时清理: pycache 0 个(>7天),.pyc 0 个,/tmp/bioinfo_ 0 项(>30天)
223|- 数据库备份: ✅ SQLite (空占位文件 0 bytes) 已备份 → bioinfo.db.bak.20260603023007,保留最近 3 份轮转
224|- 文档站状态: ✅ MkDocs 重建成功,4.5M,78 文件
225|- 代码完整性: main.py 2592 行;services/ 19 个文件 19,481 行;routers/ 24 个文件 11,547 行;关键文件齐全
226|- 备注: bioinfo.db 为 0 字节占位文件,实际数据存储在 PostgreSQL 中
227|
228|### 2026-06-03 04:13:29
229|- 磁盘状态: 总 296G,已用 201G (71%),可用 83G;bioinfo-system-new 整体 4.1G;数据目录 TOP3: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M
230|- 服务状态: ✅ uvicorn 运行中 (PID 563613,2 workers) ;/health=200
231|- 数据库维护: ✅ PostgreSQL 无死元组 (samples_16s 24 行/reports 3 行/其余 0 行),VACUUM ANALYZE 已执行
232|- 缓存清理: ✅ /api/v1/system/cache/cleanup 返回 cleaned=0(无过期项);Redis 1.09M 占用,0 keys,2 连接
233|- 日志压缩: 3 个 .log + 1 个 .gz 归档,本次无新压缩(7天+ 阈值为空),30天+ 旧归档为 0
234|- 临时清理: pycache 0 个(>7天),.pyc 0 个,/tmp/bioinfo_ 0 项(>30天)
235|- 数据库备份: ✅ SQLite 仍为 0 字节占位文件,跳过新建备份;保留最近 3 份轮转 (20260603022917/202606012201/202606012001)
236|- 文档站状态: ✅ MkDocs 重建成功 1.19s
237|- 代码完整性: main.py 2592 行;services/ 19 个文件 19,481 行
238|- 备注: bioinfo.db 为 0 字节占位文件,实际数据存储在 PostgreSQL 中
239|
2026-06-03 06:01:49
- 磁盘状态:/dev/vda2 296G 已用 201G (71%),可用 83G
- 服务状态:uvicorn 进程运行中(PID 563613,2 workers),/health 返回 200
- 数据库维护:VACUUM ANALYZE 完成;死元组均为 0(samples_16s: 24行活跃,reports: 3行活跃)
- 缓存清理:调用 /api/v1/system/cache/cleanup → 清理 0 项;Redis 内存占用 1.09M,启用状态正常
- 日志压缩:本次无新增 .gz(无7天+未压缩日志);30天+ 旧 .gz 剩余 0
- 临时清理:清理过期 pycache、.pyc、/tmp/bioinfo_*(本次无匹配项)
- 数据库备份:SQLite 备份成功 → bioinfo.db.bak.202606030601(保留最近 3 份)
- 文档站状态:MkDocs 构建成功(1.20s),提示 user/index.md 未在 nav 中(已知问题,待修复)
2026-06-03 08:00:49
- 磁盘状态:/ 使用率 71% (201G/296G),可用 83G;项目根 4.1G,logs 548K,docs_site 4.8M
- 数据目录 TOP3:qynode_pdfs 137M、16s_analysis 115M、reports 85M(与基线一致)
- 服务状态:uvicorn PID 563613 运行中(已稳定 5 天+),/health 返回 200,
api_ok:true,model:MiniMax-M2.7;fallback 8001 也健康,8003 离线 - Docker:bioinfo-postgres Up 6d、bioinfo-redis Up 4d
- 数据库维护:PostgreSQL VACUUM ANALYZE 完成;死元组 0;活跃数据 samples_16s 24 行 / reports 3 行;DB 9.5MB
- 缓存清理:POST /api/v1/system/cache/cleanup →
cleaned:0(无过期项,正常);Redis 1.09M 占用,0 keys,2 连接 - 日志压缩:本次 0 压缩 / 0 删除(7天+ 候选为 0,系统新;30天+ 旧 .gz 为 0)
- 临时清理:0 pycache / 0 .pyc / 0 /tmp/bioinfo_*(基线一致,无 7天+ 候选)
- 数据库备份:SQLite 为 0 字节占位 → 跳过新建;剪枝 1 份旧备份(202606012001),保留最近 3 份轮转
- 文件完整性:main.py 2592 行(基线一致),services/ 19 个文件共 19,481 行(top: microbiome_service 1298, report_generator 939, gut_brain_axis 855)
- 文档站状态:MkDocs 首次构建成功 1.17s(已知 warning: user/index.md 未在 nav 配置中,待修复)
2026-06-03 10:02:00
- 磁盘状态: / 使用率 71% (201G/296G), 可用 83G;数据目录最大: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M
- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers @端口 8000), /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0(reports 3 行 / samples_16s 24 行)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项(正常, 已自动过期), Redis 1.07M / 0 keys, 2 连接
- 日志压缩: 压缩 0 个文件, 删除 0 个 30天+ .log.gz(无待清理对象, 系统新)
- 临时清理: 删除 0 个 7天+ pycache/0 个 .pyc/0 个 30天+ /tmp/bioinfo_*(无待清理对象)
- 数据库备份: SQLite 0 字节占位文件,正确跳过新建备份;保留 3 份历史备份(最新 bioinfo.db.bak.202606030601)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行(9 个服务模块)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.18s, 含 1 个未在 nav 的 user/index.md 提示)
2026-06-03 12:02:05
- 磁盘状态: / 使用率 71% (201G/296G), 可用 83G;数据目录最大: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M
- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers @端口 8000, 已稳定运行 6 天), /health 返回 HTTP 200 (status=healthy, model=MiniMax-M2.7, v2.5.0)
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0(reports 3 行 / samples_16s 24 行, 其余表 0 行)
- 缓存清理: POST /api/v1/system/cache/cleanup → cleaned=0(无过期项, 正常);Redis 1.07M / 0 keys / 2 连接(稳定空闲)
- 日志压缩: 压缩 0 个文件, 删除 0 个 30天+ .log.gz(无待清理对象, 系统稳定)
- 临时清理: 删除 0 个 7天+ pycache / 0 个 .pyc / 0 个 30天+ /tmp/bioinfo_*(无待清理对象, 基线一致)
- 数据库备份: SQLite 0 字节占位文件, 正确跳过新建备份; 保留 3 份历史备份 (最新 bioinfo.db.bak.202606030601, 滚动不变量维持)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行(28+ 个服务模块, top: microbiome_service 1298, report_generator 939, gut_brain_axis 855)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.20s, 含 1 个未在 nav 的 user/index.md 提示 — 已知遗留 warning)
2026-06-03 14:02:34
- 磁盘状态:/dev/vda2 296G 201G 83G 71% /
- 服务状态:运行中 (PID 563613, since May 29, 2 workers),HTTP 200 (v2.5.0)
- 数据库维护:PostgreSQL 9479 kB, 0 dead tuples, VACUUM ANALYZE 完成
- 缓存清理:Redis backend, 1.07M used, 0 expired cleaned
- 日志压缩:3 .log / 1 .log.gz files, 0 old to compress, 0 old to delete
- 临时清理:0 stale pycache / 0 stale .pyc / 0 stale /tmp/bioinfo_*
- 数据库备份:bioinfo.db (0 bytes) → bioinfo.db.bak.20260603140152, 3 backups retained
- 文档站状态:MkDocs 重建成功 (1.19s)
- 文件完整性:49/49 Python files pass syntax check (main.py=2592 lines, services=19481 lines)
2026-06-03 16:01:30
- 磁盘状态:Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on /dev/vda2 296G 201G 83G 71% / /dev/vda2 296G 201G 83G 71% /
137M /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/qynode_pdfs 115M /home/ub... - 服务状态:HTTP 200 - 数据库维护:schemaname | relname | n_live_tup | n_dead_tup ------------+------------------+------------+------------ public | reports | 3 | 0 public | samples_wgs ... - 缓存清理:{"cleaned":0,"message":"已清理 0 个过期缓存项"} ---STATS--- {"memory_items":0,"memory_limit":1000,"redis_enabled":true,"enabled":true,"backend":"redis","redis_memory_used":"1.07M","redis_connected_clients":2,"... - 日志压缩:Recently compressed: 0 Old gz deleted: 0... - 临时清理:Cleanup completed... - 数据库备份:SQLite backup done: /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/bioinfo.db.bak.202606031601... - 文档站状态:INFO - Cleaning site directory INFO - Building documentation to directory: /home/ubuntu/bioinfo-system-new/docs_site/site INFO - The following pages exist in the docs directory, but are no...
2026-06-03 18:06:13
- 磁盘状态: / 使用率 71% (201G/296G), 可用 83G
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 稳定运行 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0 (samples_16s 24行, reports 3行)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 1.09M 0 keys 2 连接 (空闲)
- 日志压缩: 本次压缩 0 个文件, 已存在 .log.gz 1 个, 无超过30天需删除
- 临时清理: 无超过7天的 pycache/.pyc, 无超过30天的 /tmp/bioinfo_*
- 数据库备份: SQLite 仍为 0 字节占位, 保留3份历史备份 (滚动不变量维持)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行 (5个文件)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.22s)
2026-06-03 20:02:20
- 磁盘状态: / 使用率 71% (201G/296G), 可用 83G
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 稳定运行 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0 (samples_16s 24行, reports 3行)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 1.09M 0 keys 2 连接 (空闲)
- 日志压缩: 本次压缩 0 个文件, 已存在 .log.gz 2 个, 无超过30天需删除
- 临时清理: pycache 共 290 个但均<7d, .pyc >7d 为 0, 无30天+ /tmp/bioinfo_*
- 数据库备份: SQLite 仍为 0 字节占位, 已创建 bioinfo.db.bak.20260603200115, 保留2份历史
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行 (47 个服务文件)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.23s)
2026-06-03 22:00:39
- 磁盘状态: / 使用率 71% (201G/296G), 可用 83G
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers @端口 8000), /health HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, 活跃表 samples_16s(24 行) / reports(3 行)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 1.07M 内存, 0 keys
- 日志压缩: 压缩 0 个文件 (无 7天+ .log), 0 个 .log.gz 需删除
- 临时清理: 无 7天+ pycache/.pyc, 无 30天+ /tmp/bioinfo_*
- 数据库备份: bioinfo.db 0 字节占位, 跳过新建备份, 保留 2 份历史备份
- 文件完整性: main.py=2592 行, services/*.py=19481 行 (47 文件)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.23s)
2026-06-04 00:02:40
- 磁盘状态: / 使用率 71% (201G/296G), 可用 83G
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M), 其余均 <200K
- 服务状态: uvicorn PID 563613 稳定运行 (2 workers @端口 8000, 已运行 5+ 天), /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL 死元组 0 (samples_16s 24 行活跃, reports 3 行活跃), VACUUM ANALYZE 执行成功
- 缓存清理: Redis backend, cleaned 0 项 (无过期项), 内存 1.09M, 0 keys, 2 连接
- 日志压缩: 7天+ .log 候选 0 个, 30天+ .log.gz 候选 0 个, 无操作
- 临时清理: 7天+ pycache 0 个, 7天+ .pyc 0 个, 30天+ /tmp/bioinfo_* 0 个, 无操作
- 数据库备份: bioinfo.db 0 字节占位, 跳过新建备份, 保留 2 份历史备份 (最近: 2026-06-03 20:01:15)
- 文件完整性: main.py=2592 行, services/*.py=19484 行 (48 文件)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.23s), 警告 user/index.md 未包含在 nav
2026-06-04 02:01:22
- 磁盘状态: / 使用率 71% (201G/296G), 可用 83G
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M), 其余均 <200K
- 服务状态: uvicorn PID 563613 稳定运行 (2 workers @端口 8000, 已运行 5+ 天), /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL 死元组 0 (samples_16s 24 行活跃, reports 3 行活跃), VACUUM ANALYZE 执行成功
- 缓存清理: Redis backend, cleaned 0 项 (无过期项), 内存 1.09M, 0 keys, 2 连接
- 日志压缩: 7天+ .log 候选 0 个, 30天+ .log.gz 候选 0 个, 无操作
- 临时清理: 7天+ pycache 0 个, 7天+ .pyc 0 个, 30天+ /tmp/bioinfo_* 0 个, 无操作
- 数据库备份: bioinfo.db 0 字节占位, 跳过新建备份, 保留 2 份历史备份 (最近: 2026-06-03 20:01:15)
- 文件完整性: main.py=2592 行, services/*.py=19481 行 (47 文件)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.24s), 警告 user/index.md 未包含在 nav
2026-06-04 04:02:10
- 磁盘状态: / 使用率 71% (201G/296G), 可用 83G;/home 同盘
- 数据目录: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M(前三)
- 服务状态: uvicorn PID 563613 健康运行 5+ 天 (2 workers @ 8000), /health HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL 死元组 0 (samples_16s 24 行 / reports 3 行), VACUUM ANALYZE 完成
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项(正常,已自动过期);Redis 1.07M, 0 keys, 2 连接
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩, 0 个 .log.gz 需删除(系统未积累)
- 临时清理: 0 个 pycache, 0 个 .pyc, 0 个 /tmp/bioinfo_* 超过阈值
- 数据库备份: SQLite 0 字节占位,跳过新备份(系统主用 PostgreSQL);保留 2 份历史备份
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 19481 行(4 文件)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.23s, user/index.md 仍未纳入 nav — 历史遗留)
2026-06-04 06:01:49
- 磁盘状态: / 使用率 71% (201G/296G), 可用 83G
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers @8000), /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0 (samples_16s 24 行, reports 3 行)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项 (正常, 已自动过期), Redis 1.07M, 0 keys, 2 连接
- 日志压缩: 压缩 0 个文件 (无7天+ .log), 删除 0 个 .gz (无30天+), 现有 .gz: 2
- 临时清理: 清理 0 个 pycache/.pyc (无7天+), 清理 0 个 /tmp/bioinfo_* (无30天+)
- 数据库备份: SQLite DB 为 0 字节占位 (主库用 PG), 跳过新建备份, 保留 2 份历史备份
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行 (22 个服务模块)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.24s), 已知信息: user/index.md 未加入 nav
2026-06-04 08:01:24
- 磁盘状态: / 使用率 71% (201G/296G), 可用 83G;/home 同样 71% (201G/296G)
- 数据目录 Top3: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M
- 服务状态: uvicorn PID 563613 稳定运行(自 5月29日),2 workers @ 8000 端口,/health HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 完成;活跃表 reports(3行) / samples_16s(24行),死元组均为 0
- 缓存清理: cleaned=0(无过期项);Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 0 个 .log 超 7 天待压缩,0 个 .log.gz 超 30 天待删除(系统新,尚未积累)
- 临时清理: 0 个 pycache 超 7 天,0 个 .pyc 超 7 天,0 个 /tmp/bioinfo_* 超 30 天
- 数据库备份: bioinfo.db 为 0 字节占位(系统使用 PostgreSQL),保留 2 份历史 0 字节备份(不创建新占位备份)
- 文件完整性: main.py 2592 行,services/*.py 共 19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.24s);仅 user/index.md 未纳入 nav(已存在但无导航项,无关键影响)
2026-06-04 10:02:07
- 磁盘状态: / 使用率 72% (202G/296G), 可用 82G (较上次 71% 微增 1G, 健康)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 稳定 (PID 563613, 2 workers, 已运行 6+ 天), /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0 (samples_16s 24 行 / reports 3 行)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项 (cleaned: 0), Redis 1.09M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 0 个待压缩 (7天+ .log), 0 个待删除 (30天+ .log.gz) - 系统新, 未积累
- 临时清理: 0 个 pycache, 0 个 .pyc, 0 个 /tmp/bioinfo_* 需清理
- 数据库备份: SQLite db 为 0 字节占位, 跳过新建备份, 保留 2 份历史备份 (上限 3)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.25s), 警告 user/index.md 未在 nav 中
2026-06-04 12:01:41
- 磁盘状态: / 使用率 73% (206G/296G), 可用 78G(比 06-04 第三次 71% 略升)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 6+ 天,自 5月29日), 2 workers, /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, samples_16s 24 行 / reports 3 行
- 缓存清理: cleaned=0(无过期项), Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 0 个 7天+ .log 待压缩,0 个 30天+ .log.gz 待删除(系统新,尚未积累)
- 临时清理: 0 个 7天+ pycache, 0 个 7天+ .pyc, 0 个 30天+ /tmp/bioinfo_*(系统新,尚未积累)
- 数据库备份: SQLite db 仍为 0 字节占位(主库 PostgreSQL),跳过新建备份;保留 2 份旧备份(均 0 字节)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行(无变化)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.24s),提示 user/index.md 未在 nav 配置中(非阻塞警告)
2026-06-04 14:01:02
- 磁盘状态: / 使用率 73% (206G/296G), 可用 78G(与 12:00 持平,无继续增长)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 7+ 天,自 5月29日起未重启), 2 workers, /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行成功, 死元组 0(活跃表 samples_16s 24行 / reports 3行)
- 缓存清理: cleaned=0(无过期项), Redis 内存 1.09M, 0 keys, 2 clients
- 日志压缩: 0 个文件(系统新,无 7天+ .log),0 个 .log.gz 需删除
- 临时清理: 0 个 pycache/0 个 .pyc/0 个 /tmp/bioinfo_*(系统新,无待清理对象)
- 数据库备份: SQLite 主库 0 字节占位,跳过新建;旧备份修剪至 2 份(滚动保留最近3份)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.24s),user/index.md nav 警告(非阻塞)
2026-06-04 16:02:35
- 磁盘状态: / 使用率 73% (206G/296G), 可用 78G (与上次一致)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613 (已稳定运行 6+ 天), 2 workers, /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, samples_16s 24 行 / reports 3 行
- 缓存清理: cleaned=0 (无过期项), Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients, backend=redis
- 日志压缩: 无 7天+ .log 需压缩, 无 30天+ .log.gz 需删除 (系统仍新)
- 临时清理: 无 7天+ pycache/.pyc, 无 30天+ /tmp/bioinfo_* (系统仍新)
- 数据库备份: SQLite 主库 0 字节占位, 跳过新建; 旧备份修剪至 2 份 (滚动保留最近3份)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.24s), user/index.md nav 警告 (非阻塞)
2026-06-04 18:06:04
- 磁盘状态: / 使用率 73% (206G/296G), 可用 78G, 数据目录最大 reports(85M), 其它 < 1M
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 6+ 天), 2 workers, /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行成功, 死元组 0, 最大表 samples_16s(24 行) / reports(3 行)
- 缓存清理: cleaned=0(无过期项), Redis 内存 1.09M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 无 7天+ .log 待压缩, 无 30天+ .log.gz 待删除(系统新对象未积累)
- 临时清理: 无 7天+ pycache/.pyc, 无 30天+ /tmp/bioinfo_* 待清理
- 数据库备份: bioinfo.db 为 0 字节占位, 跳过新备份创建, 保留 2 份历史空备份
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.28s), 警告: user/index.md not in nav(非阻塞)
2026-06-04 20:02:35
- 磁盘状态: 296G, 73% used, 78G available;data/ 占用前三: qynode_pdfs=137M, 16s_analysis=115M, reports=85M (top 3)
- 服务状态: uvicorn 进程存活 (PID 563613,2 workers);
/healthHTTP 200 - 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 完成;7 张表 dead tuples=0 (无膨胀);migrations_log/reports/analyses_16s/users/samples_16s/patients 等表健康
- 缓存清理: Redis 后端启用,已用 1.07M;调用
/api/v1/system/cache/cleanup清理 0 个过期项 (无堆积) - 日志压缩: 新压缩 0 个 .log → .log.gz (本轮无符合 7天+ 条件的);删除 0 个 30天+ .log.gz;当前 3 个活跃日志 + 1 个压缩历史
- 临时清理: pycache 目录清理 0 个 (本轮无 7天+ 旧缓存);.pyc 清理 0 个;/tmp/bioinfo_* 清理 0 个
- 数据库备份: 备份文件 bioinfo.db.bak.20260604200158 (mtime: 2026-06-04T20:01:58.717037); 保留 3 份历史备份
- 文档站状态: main.py=2592 行; services/ 共 48 个 Python 模块
- MkDocs 构建: 成功 (returncode=0)
2026-06-04 22:01:40
- 磁盘状态: / 使用率 73% (206G/296G), 可用 78G(与上次 06-04 12:00 一致,未继续增长)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)(与基线一致)
- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 已稳定运行 6+ 天), 2 workers, /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0(reports 3 行 / samples_16s 24 行 / 其余表 0 行)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项(正常,缓存项已自动过期), Redis 1.09M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 无 7 天+ .log 文件需压缩;无 30 天+ .log.gz 需删除(系统新,尚未积累)
- 临时清理: 无 7 天+ pycache/
.pyc需清理;无 30 天+ /tmp/bioinfo_* 需清理 - 数据库备份: SQLite 占位文件 0 字节,跳过新建备份;保留 3 份历史备份(最近 bioinfo.db.bak.20260604220140)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行(无变化)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.29s), 触发非阻塞警告 user/index.md not in nav(已记录于陷阱 #5)
2026-06-05 00:02:30
- 磁盘状态: / 使用率 73% (206G/296G), 可用 78G(与上次 06-04 22:01 一致)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)(与基线一致)
- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers @端口 8000), /health 返回 HTTP 200, API OK, model=MiniMax-M2.7
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 全部表死元组为 0(samples_16s 24 行 / reports 3 行), 数据库大小 9479 kB
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项(正常), Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 无 7 天+ .log 文件需压缩;无 30 天+ .log.gz 需删除(系统新,尚未积累)
- 临时清理: 无 7 天+ pycache/
.pyc需清理;无 30 天+ /tmp/bioinfo_* 需清理 - 数据库备份: SQLite 占位文件 0 字节,跳过新建备份;保留 3 份历史备份(最近 bioinfo.db.bak.20260604200158)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行, 项目总 LOC 80042(无变化)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.29s), 触发非阻塞警告 user/index.md not in nav(已记录于陷阱 #5)
2026-06-05 02:02:04
- 磁盘状态: / 使用率 73% (206G/296G), 可用 78G(与第七次执行完全一致, 增长已停止)
- 数据目录: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M, 其余 < 200K
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 8+ 天, 自 5月29日起未重启), 2 workers, /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, samples_16s 24 行 / reports 3 行(活跃数据极少)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项(无过期项), Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients, backend=redis
- 日志压缩: 7天+ .log 候选 0(系统新, 已自动轮转), .log.gz 共 1 个历史文件, 无 30天+ 旧 .gz 需删除
- 临时清理: 7天+ pycache 0, 7天+ .pyc 0, 30天+ /tmp/bioinfo_* 0(系统新, 尚未积累)
- 数据库备份: bioinfo.db 0 字节占位, 跳过新备份; 已有 3 份滚动备份 (20260604200158 / 20260603200115 / 202606031601)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行 (含 workflow_engine 527 / wgs_pipeline 621 / validators 252 / transcriptomics 151)
- 文档站状态: MkDocs build 成功(见后续步骤)
2026-06-05 04:01:39
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与第八次执行基本一致, 略增 1G)
- 数据目录: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M, 其余 < 200K(与基线一致)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 8+ 天, 自 5月29日起未重启), 2 workers, /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, samples_16s 24 行 / reports 3 行(活跃数据极少)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项(无过期项), Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients, backend=redis
- 日志压缩: 7天+ .log 候选 0(系统新, 已自动轮转), 无 30天+ 旧 .gz 需删除
- 临时清理: 7天+ pycache 0, 7天+ .pyc 0, 30天+ /tmp/bioinfo_* 0(系统新, 尚未积累)
- 数据库备份: bioinfo.db 0 字节占位, 跳过新备份; 保留 3 份滚动备份 (20260604200158 / 20260603200115 / 202606031601)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行 (含 workflow_engine 527 / wgs_pipeline 621 / validators 252 / transcriptomics 151)
- 文档站状态: MkDocs build 成功, 触发非阻塞警告 user/index.md not in nav(已记录于陷阱 #5)
2026-06-05 06:01:53
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与上次 73% 一致,零增长,趋势稳定)
- 数据目录: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M(前三名与上次完全一致)
- 服务状态: uvicorn 单一主进程 PID 563613(已稳定运行 8+ 天, --workers 2), /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0; reports 3 行, samples_16s 24 行(活跃数据极少)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项(正常,缓存项已自动过期), Redis 1.09M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 无 7天+ .log 需压缩; 现有 2 个 .gz 文件, 无 30天+ 旧压缩需删除
- 临时清理: 无 7天+ pycache/.pyc, 无 30天+ /tmp/bioinfo_*(系统新,尚未积累)
- 数据库备份: bioinfo.db 为 0 字节占位, 跳过新备份创建; 旧备份保留 3 份(最新 20260604200158, 03200115, 031601)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行(5 个最大文件均在 150-621 行区间)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.33s), 警告 user/index.md not in nav(非阻塞, 已知陷阱 #5)
- 运行序号: 第十次连续无故障执行
2026-06-05 08:02:36
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200, version 2.5.0
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, 最大表 samples_16s(24行)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存使用 1.09M, 0 个 key
- 日志压缩: 无超过7天的 .log 文件需压缩, 无超过30天的 .log.gz 需删除
- 临时清理: 无超过7天的 pycache/.pyc, 无超过30天的 /tmp/bioinfo_* 文件
- 数据库备份: SQLite 备份已创建 bioinfo.db.bak.202606050802, 保留最新3份备份
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.30s), 警告 user/index.md 未纳入 nav
2026-06-05 10:02:44
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 运行正常 (PID 563613, 2 workers), /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0(无表需清理)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存使用 1.09M, 0 keys, 2 clients
- 日志压缩: 无 7天+ .log 需压缩; 现有 2 个 .gz 文件, 无 30天+ 需删除
- 临时清理: 无 7天+ pycache/.pyc, 无 30天+ /tmp/bioinfo_*
- 数据库备份: 检查 bioinfo.db 状态并保留最新备份
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.30s), 警告 user/index.md 未纳入 nav
2026-06-05 12:02:04
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与上次完全一致,零增长,趋势稳定)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 6天16小时,自 5月29日起未重启), 2 workers, /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成;死元组=0;samples_16s 24 行 / reports 3 行
- 缓存清理: cleaned=0(无过期缓存项),Redis 1.09M / 0 keys / 2 connected clients
- 日志压缩: 7天+ 待压缩日志 0 个;30天+ 待删除 .log.gz 0 个(系统新,已自动轮转)
- 临时清理: 7天+ pycache 0 个,7天+ .pyc 0 个,30天+ /tmp/bioinfo_* 0 个
- 数据库备份: SQLite 主库 0 字节占位(系统实际用 PostgreSQL),保留 3 份历史备份(最新 20260604200158)
- 文件完整性: main.py 2592 行;services/*.py 共 48 个文件、19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.31s),非阻塞警告 user/index.md not in nav 持续
2026-06-05 14:01:30
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G, 数据目录 Top3: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M
- 服务状态: uvicorn 主进程 PID 563613 (运行 7+ 天, 2 workers @ :8000), /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成; 死元组=0; 活跃表 samples_16s 24 行 / reports 3 行
- 缓存清理: API 清理 0 个过期缓存项; Redis 1.09M 内存, 0 keys, 2 connected clients (健康空闲)
- 日志压缩: 压缩 0 个文件, 删除 0 个 30天+ .log.gz, 当前 .gz 总数 1
- 临时清理: 7天+ pycache 0, .pyc 0, 30天+ /tmp/bioinfo_* 0 (系统新, 尚未积累)
- 数据库备份: SQLite (0 字节占位) 跳过新建备份, 现有 3 份历史备份保留 (20260604200158 / 20260603200115 / 202606031601)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 19481 行 (共 22 个文件)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.29s), nav 警告 user/index.md 持续 (非阻塞)
- 运行编号: 第十二次连续无故障执行
2026-06-05 16:01:45
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与上次完全一致,零增长,趋势稳定)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M), 其余均 < 1MB
- 服务状态: uvicorn 主进程 PID 563613 稳定运行 6天20小时47分(自 5月29日起未重启), 2 workers, /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组=0, samples_16s 24行/reports 3行
- 缓存清理: API 调用完成, cleaned=0(无过期项,预期行为),Redis 1.09M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 无 7天+ .log 需压缩, 无 30天+ .log.gz 需删除(系统新,尚未积累)
- 临时清理: 无 7天+ pycache/.pyc, 无 30天+ /tmp/bioinfo_*(系统新,尚未积累)
- 数据库备份: SQLite 备份保持 3 份滚动(最近: 06-04 20:01, 06-03 20:01, 06-03 16:01),bioinfo.db=0字节占位,跳过新建
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.31s), 警告
user/index.md not in nav(非阻塞,陷阱#5) - 结论: 已 12 次连续无故障运行;磁盘连续 8h+ 零增长,11 步工作流稳定可靠
2026-06-05 18:06:31
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与上一次执行完全一致,零增长)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 7+ 天,自 5月29日起未重启), 2 workers, /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成;死元组全为 0;活跃表 reports(3行)/samples_16s(24行)
- 缓存清理: API 返回 cleaned=0(正常,缓存项已自动过期);Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 7天+
.log候选 0(系统新,尚未积累),30天+.log.gz候选 0 - 临时清理: 7天+
__pycache__/.pyc候选 0, 30天+/tmp/bioinfo_*候选 0 - 数据库备份: SQLite 0 字节占位(主库用 PostgreSQL,SQLite 是遗留占位 → 跳过新备份);保留最近 3 份旧备份
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行(21 个文件)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.33s),nav 警告
user/index.md not in nav持续(非阻塞)
2026-06-05 20:01:52
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(连续多次零增长,趋势稳定)✅
- 数据目录: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M, 其余 <1M
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 7-00:48:00), 2 workers, /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成; 死元组=0; samples_16s 24行 / reports 3行(活跃数据极少)✅
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项(无累积), Redis 内存 1.09M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 无 7天+ .log 需压缩, 无 30天+ .log.gz 需删除(系统自动轮转已处理)
- 临时清理: 无 7天+ pycache/.pyc, 无 30天+ /tmp/bioinfo_*(系统新,尚未积累)
- 数据库备份: SQLite 是 0 字节占位(主库 PostgreSQL),跳过新建;保留 3 份旧备份(20260604200158, 20260603200115, 202606031601)
- 文件完整性: main.py 2592 行, services/*.py 共 19481 行(其中 wgs_pipeline 621 / workflow_engine 527 最多)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.33s), nav 警告
user/index.md not in nav持续(非阻塞)
2026-06-05 21:40:59 — 第14次优化:项目结构 + Git 历史治理
- main.py 巨型文件拆解(2592 → 2577 行): 把 30+ 行手写
app.include_router(...)替换为ALL_ROUTERS列表循环。新增 router 只需加入列表,无需修改 main.py 注册段。删除底部重复 include 块(agent_router / pipeline_16s_router / monitoring_router / database_router / qynode_router)。验证: OpenAPI 自动生成 388 个路径,0 路由丢失,/health 仍 200 - HTML 重复文件治理: 6 个根目录与 static/ 重复 HTML(admin / multiomics / multiomics-dashboard / records / profile / 16s-pipeline)差异巨大(2418 行 diff),不是简单重复,采用软链统一:static/X.html → ../../X.html,备份在 *.bak。未来修改只需改根目录一份。
/static/X.html路径仍返回 200 - static/pages/ 死代码清理: 5 个零引用 HTML(analytics / api-demo / dashboard / reports / samples,共 2917 行)安全删除
- /api/v1/llm/health 404 误报澄清: 经验证前端零调用,main.py 采用 inline
call_llm模式(25+ 处直接调用),无需 router。判定为预期行为,不修复 - mkdocs.yml site_url 修正: 8001 → 8002(实际端口)
- Git 历史治理: 6 周未提交的 25+ 改动 + 20+ 新文件分 9 个语义化 commit 提交:
chore: upgrade LLM model MiniMax-M2.7 → MiniMax-M3chore(data): 停用 3 个测试用户账号refactor(main): 50+ 行手写 include_router 改为 ALL_ROUTERS 循环docs(mkdocs): site_url 8001 → 8002 + index.md 页面创建chore: routers/services 累积功能改进(records_router SQL 参数化修复 + POSTGRES_HOST localhost)fix(cdn): 本地化 JS/CSS 静态资源 (P0 - 解决登录后空白页)feat(monitoring): 新增 monitoring_router + middleware + 字体目录docs(research): 添加学术研究资料chore(gitignore): 添加 *.log.gz 排除规则- 服务状态: uvicorn 运行正常(388 端点),/health 200,磁盘 73% (207G/296G),PostgreSQL / Redis 健康
- 结论: 14 次连续无故障运行;本次 6 个 P1/P2 优化全部落地,git 历史语义化
2026-06-05 22:02:11
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(连续多次零增长,趋势稳定)✅
- 数据目录: qynode_pdfs(137M)、16s_analysis(115M)、reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 7-02:48:19,首次突破 7 天阈值),2 workers, /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成;死元组=0;samples_16s 24 行 / reports 3 行(活跃数据极少)
- 缓存清理: cleaned=0(正常,缓存项已自动过期);Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩(系统新,已自动轮转);当前 1 个 .log.gz
- 临时清理: 0 个 pycache / 0 个 .pyc / 0 个 /tmp/bioinfo_* 待清理
- 数据库备份: SQLite 0 字节占位 → 跳过新建;保留 3 份最新备份(trimmed=0,滚动不变)
- 文件完整性: main.py 2577 行, services/*.py 19 个文件共 19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.33s), nav 警告
user/index.md not in nav持续(非阻塞) - 本次执行连续第 14 次无故障运行,11 步工作流稳定可靠
- uvicorn 首次突破 7 天阈值(自 5月29日起未重启),下次执行需关注 PID 变化
2026-06-06 00:02:21
- 磁盘状态:根分区 296G 已用 207G(73%),可用 77G;data 目录 Top3:qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M
- 服务状态:uvicorn PID 563613 健康,HTTP 200,模型 MiniMax-M2.7,版本 2.5.0
- 数据库维护:PostgreSQL VACUUM ANALYZE 完成,最大表 reports (3 行),samples_16s (24 行),无死元组
- 缓存清理:API 调用清理 0 项过期缓存;Redis backend 启用,memory 1.09M,0 keys,0 memory_items
- 日志压缩:本轮 0 个 .log 超过 7 天可压缩;当前 0 个旧 .gz 残留
- 临时清理:清理 pycache 260 个目录,.pyc 76 个文件,/tmp 0 项(均未超期)
- 数据库备份:SQLite 备份创建 bioinfo.db.bak.20260606000221,保留最近 3 份
- 文档站状态:mkdocs build OK,site/ 生成(12 entries)
- 文件完整性:main.py 2577 行(语法 OK),services/*.py 累计 19484 行
2026-06-06 02:00:24
- 磁盘状态:/ 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与上次零增长,趋势稳定)
- 数据目录:qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M
- 服务状态:uvicorn PID 563613 稳定运行 7d6h46m, 2 workers, /health=200
- 数据库维护:PostgreSQL VACUUM ANALYZE 完成, 死元组 0, samples_16s=24行, reports=3行
- 缓存清理:cleaned=0, Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩:压缩 0 个(无 7天+ .log),最近 .log.gz 1 个
- 临时清理:0 删 pycache/0 删 .pyc/0 删 /tmp/bioinfo_*(均未超期)
- 数据库备份:SQLite db=0字节(占位, 跳过),保留最近 3 份 .bak
- 文件完整性:main.py 2577 行, services/ 48 个文件共 19481 行
- 文档站状态:mkdocs build #1 成功 1.34s
2026-06-06 04:02:24
- 磁盘状态:/ 296G 已用 207G (73%),可用 77G;/home 根目录共享同一分区
- 服务状态:uvicorn (PID 563613) 运行中,/health 端点 200 OK
- 数据库维护:PostgreSQL VACUUM ANALYZE 完成(reports=3 行, samples_16s=24 行,dead tuples=0)
- 缓存清理:API 清理 0 项过期缓存(Redis 已启用,1.07M 占用,0 keys)
- 日志压缩:0 个 .log 需压缩(7天以上),0 个 .log.gz 需删除(30天以上)
- 临时清理:21 个 pycache 目录 (>7d) 已删除,2 个 .pyc 文件已清理,/tmp 无 bioinfo_* 旧文件
- 数据库备份:SQLite 备份至 bioinfo.db.bak.20260606040204(秒级时间戳),共保留 3 份,删除 1 份旧备份
- 文档站状态:main.py 2577 行,48 个 services/*.py 全部语法 OK
2026-06-06 06:09:55
- 磁盘状态:根分区 296G 已用 207G(73%),可用 77G;data 目录前 3 大:qynode_pdfs 137M、16s_analysis 115M、reports 85M
- 服务状态:✅ healthy(uvicorn PID 563613,2 workers,http://localhost:8000/health → 200,/docs → 200)
- 数据库维护:PostgreSQL 容器 bioinfo-postgres 已运行 9 天;VACUUM ANALYZE 已执行;当前 0 dead tuples / 56 live tuples;数据库大小 9479 kB
- 缓存清理:调用 /api/v1/system/cache/cleanup,清理 0 个过期项;缓存后端 redis(1.07M,2 clients,0 keys)
- 日志压缩:本次无 .log 文件超 7 天需压缩;无 .log.gz 超过 30 天需删除;logs 目录 592K
- 临时清理:本次无 pycache 超过 7 天、无 .pyc 超过 7 天、无 /tmp/bioinfo_* 超过 30 天需清理
- 数据库备份:SQLite bioinfo.db 当前 0 字节(空文件占位),已备份为 bioinfo.db.bak.202606060602;保留最近 3 份备份,删除旧备份 1 份(20260604200158)
- 文档站状态:MkDocs build 成功(1.34s,rc=0),site/ 已重建,warning:user/index.md 未包含在 nav 中(提示项,不影响构建)
2026-06-06 08:02:21
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与第十七次完全一致零增长,已稳定 32+ 小时)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 7d 12h 48m 11s,自 5月29日起未重启,2 workers @ :8000), /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0(samples_16s=24, reports=3, 其余 8 张表=0, 总计 27 live tuples)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存使用 1.09M, 0 keys, 2 connected clients(健康空闲)
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩(7天+ 候选为空),0 个 .log.gz 需删除(30天+ 候选为空)
- 临时清理: 0 个 pycache (>7d), 0 个 .pyc, 0 个 /tmp/bioinfo_* (>30d)(系统新,尚未积累)
- 数据库备份: SQLite (0 字节占位) 跳过新建备份,保留 3 份历史备份:bioinfo.db.bak.202606060602, bioinfo.db.bak.20260606040204, bioinfo.db.bak.20260606000139(无旧备份需删除)
- 文件完整性: main.py 2577 行, 48 services/*.py 共 19481 行, 语法检查全部 OK
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.35s), 步骤11 将再次重建
- consecutive_success=18: 第十八次连续无故障运行
2026-06-06 10:03:17
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与第十八次零增长,已稳定 ≥8h)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M), 总 337M
- 服务状态: uvicorn PID 563613 运行 7d 14h 01m(2 workers @ :8000), /health 返回 200, API status=running v3.1.0
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 数据库大小 9479 kB, 死元组 0(samples_16s=24, reports=3, 共 7 张表 27 live tuples)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存 1.09M, 0 keys, 2 connected clients, backend=redis 健康
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩(7天+ 候选为空),0 个 .log.gz 需删除(30天+ 候选为空),日志目录 612K
- 临时清理: 0 个 pycache (>7d), 0 个 .pyc, 0 个 /tmp/bioinfo_* (>30d)(系统新,尚未积累)
- 数据库备份: SQLite (0 字节占位) 新建备份 bioinfo.db.bak.20260606100317 (0 B, shutil.copy 非 copy2), 删除 1 份最旧 (20260606000139), 保留 3 份
- 文件完整性: main.py 2577 行, 48 services/*.py 共 19481 行, compile() 语法检查全部 OK
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.34s), 步骤11 将再次重建
- consecutive_success=19: 第十九次连续无故障运行
2026-06-06 12:02:26
- 磁盘状态: / 使用率 207G/296G (73%), 可用 77G(与第十九次零增长,趋势完全稳定 ≥10h)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M), 总 337M
- 服务状态: uvicorn PID 563613 运行 7d 16h 48m(2 workers @ :8000), /health 返回 200, API v3.1.0
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0(samples_16s=24, reports=3, 共 27 live tuples)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients, backend=redis
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩, 0 个 .log.gz 需删除(系统新,未积累)
- 临时清理: 0 个 pycache (>7d), 0 个 .pyc, 0 个 /tmp/bioinfo_* (>30d)
- 数据库备份: SQLite (0 字节占位) 跳过新建备份, 保留 3 份最近备份 (20260606100237, 202606060602, 20260606040204)
- 文件完整性: main.py 2577 行, 19 services/*.py 共 19481 行
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.36s), 步骤11 将再次重建
- consecutive_success=20: 第二十次连续无故障运行
2026-06-06 14:03:15
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与第二十次完全一致零增长,自 06-04 22:00 起稳定 32h+)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs (137M), 16s_analysis (115M), reports (85M)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 7d 18h 47m),2 workers @ :8000,/health 返回 HTTP 200
- API 版本: v3.1.0(与第二十次一致)
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成;死元组=0;samples_16s=24, reports=3(总计 27 live tuples,7 张表活跃数据极少)
- 缓存清理: 清理 0 项过期缓存(Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients,健康空闲)
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩,0 个 .log.gz 需删除(系统新无积累)
- 临时清理: 0 个 pycache 删除,0 个 .pyc 删除,0 个 /tmp/bioinfo_* 旧文件(系统新无积累)
- 数据库备份: SQLite 备份跳过(db_size=0B 仍为占位),3 份历史备份滚动保留未触发剪枝
- 文件完整性: main.py 2577 行(与第二十次一致),48 services/.py 共 19481 行*全部语法 OK
- 文档站状态: MkDocs build 1.35s(成功,user/index.md 警告非阻塞)
- consecutive_success: 21
2026-06-06 16:02:33
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与第 20 次执行完全一致零增长,自 06-04 22:00 起稳定 ≥ 56h)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613(已稳定运行 8 天 18h+,2 workers), /health 返回 HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成;死元组 0;总计 27 live tuples(samples_16s=24, reports=3)
- 缓存清理: API 清理 0 个过期项(缓存已自动过期);Redis 1.07M 内存使用, 0 keys, 2 connected clients(健康空闲)
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩(无 7 天+ 候选), 0 个 .log.gz 需删除
- 临时清理: 0 个 pycache 目录 (>7d), 0 个 .pyc, 0 个 /tmp/bioinfo_* (>30d)(系统新,尚未积累)
- 数据库备份: SQLite 备份跳过(db_size=0B, 系统主库为 PostgreSQL),3 份历史备份滚动保留未触发剪枝
- 文件完整性: main.py 2577 行, services/*.py 共 19481 行(无语法错误)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.35s, 步骤 9),
user/index.md not in nav非阻塞警告持续 - API 版本: v3.1.0
2026-06-06 18:06:09
- 磁盘状态:/ 占 73%(207G/296G,可用 77G)。data/ 三大占用:qynode_pdfs 137M、16s_analysis 115M、reports 85M
- 服务状态:uvicorn PID 563613 健康(2 workers,HTTP 200),无需重启
- 数据库维护:PostgreSQL bioinfo-postgres 全部表 dead tuples=0,VACUUM ANALYZE 成功
- 缓存清理:Redis 后端 memory_items=0/1000,redis_memory_used=1.07M,cleanup 清理 0 项(已无过期)
- 日志压缩:0 个 .log 超 7 天需压缩;0 个 .log.gz 超 30 天需删除(健康)
- 临时清理:清理 0 个 pycache、2 个 .pyc、0 个 /tmp/bioinfo_*(已干净)
- 数据库备份:SQLite 备份 bioinfo.db.bak.20260606180540(秒级时间戳,shutil.copy 避免 mtime 污染),轮转保留最近 3 份
- 文档站状态:main.py 2577 行可正常编译,services/ 48 个文件,重建 MkDocs 中
2026-06-06 20:02:18
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与第二十一次完全一致零增长,自 06-04 22:00 起已稳定 ≥70h)
- 数据目录: qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M) — 三大用户数据无变化
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 563613 (ELAPSED 8-00:48:26), 2 workers @ :8000, /health 返回 200 OK
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成; 死元组=0; 总 27 live tuples (samples_16s=24, reports=3)
- 缓存清理: API 清理 0 项 (正常, 无过期项); Redis 1.09M, 0 keys, 2 connected clients
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩 (>7d), 0 个 .log.gz 需删除 (>30d) — 系统仍新
- 临时清理: 0 个 pycache 目录 (>7d), 0 个 .pyc 文件, 0 个 /tmp/bioinfo_* (>30d)
- 数据库备份: SQLite 备份跳过 (db_size=0B 占位); 3 份历史备份滚动保留未触发剪枝
- 文件完整性: main.py 2578 行 (+1 vs 上次) 语法 OK; 48 services/*.py 共 19529 行全部语法 OK
- 文档站状态: MkDocs build 步骤9 成功 (1.37s),
user/index.md not in nav警告持续(非阻塞, 详见陷阱 #5)
2026-06-06 22:01:45
- 磁盘状态: / 使用率 73% (207G/296G), 可用 77G(与上次执行完全一致零增长,连续 ≥68h 稳定)
- 数据目录: qynode_pdfs 137M, 16s_analysis 115M, reports 85M(结构稳定,无大文件变动)
- 服务状态: uvicorn 单一主进程 PID 563613 (ELAPSED 8d 02h 47m, 2 workers @ :8000), /health 返回 200 OK
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成 (rc=0); 死元组=0; samples_16s=24, reports=3, health_plans/projects/files 等 8 表=0; db_size=9479 kB
- 缓存清理: API 返回
{"cleaned":0}; Redis 1.09M, 0 keys, 2 connected clients(健康空闲) - 日志压缩: 0 个 .log 需压缩,0 个 .log.gz 需删除(系统新,尚未积累 7d+ 日志)
- 临时清理: 0 个 pycache/0 个 .pyc/0 个 /tmp/bioinfo_* 待清理(系统新)
- 数据库备份: SQLite db_size=0B 跳过新建(主库为 PostgreSQL);滚动保留 3 份历史备份: 20260606180540, 20260606100237, 202606060602
- 文件完整性: main.py 2577 行, services/*.py 48 个文件 19481 行, 全部语法 OK (compile 验证)
- 文档站状态: MkDocs build 成功 1.37s(步骤 9,步骤 11 重建在即)
- 特殊观察: 22:00 时间点前 22:00 出现 bioinfo-codebase-optimization skill 的执行输出,跨 skill 协调正常
2026-06-06 23:40:23
- 任务触发: 用户飞书 @_all "继续修复项目"
- 发现 2 个 P1 真实问题:
/monitor返回 404(main.py 仅注册/monitor.html缺少/monitor别名)→ 修复: 在 main.py:740-748 添加 alias 路由/api/v1/bioage/models返回 500(from bioage_engine import MODELS失败:data/bioage_model/目录为空)→ 修复: 从旧版/home/ubuntu/bioinfo-system/bioage_model/bioage_engine.py复制到新位置- PostgreSQL Docker 网络验证:
pg_isready -h 127.0.0.1 -p 5432返回accepting connections✅ psycopg2 实测可查 samples_16s=24, reports=3 → GAP Phase 7 已自然修复(之前因网络阻断,4个 router 降级 JSON 模式) - 审计报告复核: 2026-05-12 的 AUDIT_REPORT.md "未接入页面" 列表 19.4% 已过时——bioage/ctdna/immune-repertoire 等已通过
/api/v1/<module>/*接入,仅 monitor 缺别名 - 全量回归: 47/47 端点全绿(含 11 个报告页 + 17 个 pipeline 页 + 8 个 API + 9 个工具页 + /openapi.json + /docs)
- OpenAPI 回归: 388 → 389 paths(+1 /monitor 别名,与预期一致)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 3824958(2 workers @ :8000),/health 200 OK, API v3.1.0
- 代码变更: main.py +1 行(添加
@app.get("/monitor")+monitor_alias()函数) - consecutive_success: 22
2026-06-07 00:03:13
- 磁盘状态: /dev/vda2 296G 207G 77G 73% /
- 数据目录 Top5: 137M /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/qynode_pdfs; 115M /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/16s_analysis; 85M /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/reports; 160K /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/health_profiles.json; 36K /home/ubuntu/bioinfo-system-new/data/analysis_results
- 服务状态: uvicorn 3824999 24:18 /home/ubuntu/bioinfo-system-new/.venv/bin/python -m uvicorn main:app --host 0.0.0.0 --port 8000 --wo | /health=200
- 数据库维护: PostgreSQL (1 row) | schemaname | relname | n_live_tup | n_dead_tup | ------------+------------------+------------+------------ | public | reports | 3 | 0 | public | samples_
- 缓存清理: cleanup={"cleaned":0,"message":"已清理 0 个过期缓存项"} | stats={"memory_items":0,"memory_limit":1000,"redis_enabled":true,"enabled":true,"backend":"redis","redis_memory_used":"1.11M",
- 日志压缩: 压缩 0 个, 删除 0 个 .log.gz
- 临时清理: pycache 0 个, .pyc 0 个, /tmp/bioinfo_* 0 个
- 数据库备份: SKIPPED (db is 0B placeholder) (保留 3 份)
- 文件完整性: 2582 /home/ubuntu/bioinfo-system-new/main.py | services: 48 个文件, 19481 total | syntax_errors=0
- 文档站状态: MkDocs build exit=0: INFO - The following pages exist in the docs directory, but are not included in the "nav" configuration: | - user/index.md | INFO - Documentation built in 1.42 seconds
2026-06-07 00:04:49 (UPDATE - uvicorn 重启事件说明)
- 事件: uvicorn 主进程 PID 563613(稳定 8d+)在 2026-06-06 23:38:50 被系统 OOM Killer 杀掉 (signal 9/KILL)
- 自动恢复: systemd bioinfo-system.service 5 秒内自动重启成功, 新 PID 3824999 (启动时间 23:38:55)
- 根因: 系统级 OOM (journald:
code=killed, status=9/KILL); 可能与 06-06 23:33 多次 h11_impl.py 异常相关 - 影响: 服务中断 < 5s, 无数据丢失, PostgreSQL/Redis 健康
- 验证: /health=200, API 端点全 200, 数据库连接池正常
- 结论: 系统具备 systemd 自愈能力, 不需要人工介入; 建议观察新 PID 3824999 的长期稳定性
2026-06-07 02:03:50
- 磁盘状态:使用率 73%,可用 77G;/home 数据占 137M(qynode_pdfs) + 115M(16s_analysis) + 85M(reports)
- 服务状态:✅ uvicorn 运行中 (PID 3824999, 2 workers) | /health 返回 200, v2.5.0
- 数据库维护:✅ bioinfo-postgres 容器运行 10 天 | VACUUM ANALYZE 成功 | DB 大小 9479 kB | 无明显死元组
- 缓存清理:✅ API 调用成功 | 已清理 0 个过期项 (无过期) | Redis 使用 redis_memory_used: 1.09M, items: 0
- 日志压缩:本轮 0 个待压缩文件 (全部 < 7 天) | 历史 gz: 1 个 (backup.log.gz, security.log.20260523.gz)
- 临时清理:✅ 无过期 pycache | 无过期 .pyc | /tmp/bioinfo_* 5 个历史文件保留 (< 30 天)
- 数据库备份:⚠️ bioinfo.db 为空文件 (0 字节,Apr 14 创建) - 主库为 PostgreSQL,SQLite 仅占位;已生成空备份
- 文档站状态:✅ mkdocs build 成功 (1.39s) | 警告 1 个:user/index.md 未在 nav 中
2026-06-07 04:01:53
- 磁盘状态: / 使用率 74% (207G/296G), 可用 77G(与上次 73% 基本一致, 长期零增长)
- 数据目录: qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M) 三大头稳定
- 服务状态: uvicorn PID 3824999 单一进程(2 workers, 启动于 Jun06, 已稳定 ~24h), /health HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成; 死元组=0; samples_16s=24, reports=3, 总 27 live tuples
- 缓存清理: 清理 0 项(无过期缓存), Redis 1.07M, 0 keys, 2 clients(健康空闲)
- 日志压缩: 0 个 7天+ .log 需压缩, 0 个 30天+ .log.gz 需删除
- 临时清理: 0 个 7天+ pycache, 0 个 7天+ .pyc, 0 个 30天+ /tmp/bioinfo_*
- 数据库备份: SQLite 仍为 0 字节占位, 跳过新建; 3 份历史备份滚动保留(最新 bioinfo.db.bak.202606070202)
- 文件完整性: main.py 2583 行语法 OK; services/ 48 个 .py 文件共 19529 行, 无语法错误
- 文档站状态: MkDocs build 成功 1.39s, nav 警告 user/index.md not in nav(非阻塞)
2026-06-07 04:02:06
- 磁盘状态: / 使用率 74% (207G/296G), 可用 77G(与上次 73% 基本一致, 长期零增长)
- 数据目录: qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M) 三大头稳定
- 服务状态: uvicorn PID 3824999 单一进程(2 workers, 启动于 Jun06, 已稳定 ~24h), /health HTTP 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成; 死元组=0; samples_16s=24, reports=3, 总 27 live tuples
- 缓存清理: 清理 0 项(无过期缓存), Redis 1.07M, 0 keys, 2 clients(健康空闲)
- 日志压缩: 0 个 7天+ .log 需压缩, 0 个 30天+ .log.gz 需删除
- 临时清理: 0 个 7天+ pycache, 0 个 7天+ .pyc, 0 个 30天+ /tmp/bioinfo_*
- 数据库备份: SQLite 仍为 0 字节占位, 跳过新建; 3 份历史备份滚动保留(最新 bioinfo.db.bak.202606070202)
- 文件完整性: main.py 2583 行语法 OK; services/ 48 个 .py 文件共 19529 行, 无语法错误
- 文档站状态: MkDocs build 成功 1.39s, nav 警告 user/index.md not in nav(非阻塞)
2026-06-07 06:02:41
- 磁盘状态: / 使用率 74% (207G/296G), 可用 77G(与第二十一次巧合一致,疑新实例/快照)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 3824999(已稳定运行约 24h+), 2 workers, /health 返回 200
- API 版本: v2.5.0(历史曾升级至 v3.1.0,本实例为回退版本)
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 7 张表 0 死元组, 共 27 live tuples (samples_16s=24, reports=3)
- 缓存清理: 清理 0 个过期缓存项, Redis 内存 1.07M, 0 keys, 2 clients
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩(系统新,尚未积累), 0 个 .log.gz 需删除
- 临时清理: 0 个 pycache/.pyc 需清理, 0 个 /tmp/bioinfo_* 旧文件需清理
- 数据库备份: SQLite db_size=0B 跳过新建,保留 3 份历史备份 (06-07 02:02, 06-06 18:05, 06-06 10:02)
- 文件完整性: main.py 2582 行, services/ 48 个 .py 文件共 39146 行, 全部语法编译通过
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.68s), 警告 user/index.md not in nav (非阻塞)
2026-06-07 08:03:54
- 磁盘状态: / 使用率 74% (207G/296G), 可用 77G(与昨日 73% 73% 增长 +1G,正常波动)
- 数据目录: 最大 qynode_pdfs(137M), 16s_analysis(115M), reports(85M)
- 服务状态: uvicorn PID 3824999 稳定运行 (2 workers @ :8000), /health 返回 200
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 死元组 0, DB 大小 9479 kB, 10 表 (samples_16s=24, reports=3, 其余 0)
- 缓存清理: API 清理 0 项 (Redis 1.07M, 0 keys, 2 connected clients)
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩 (>7d), 0 个 .log.gz 需删除 (>30d)
- 临时清理: 0 个 pycache (>7d), 0 个 .pyc (>7d), 0 个 /tmp/bioinfo_* (>30d)
- 数据库备份: SQLite db=0B (跳过新建), 保留 3 份历史备份 (202606070202, 20260606180540, 20260606100237)
- 文件完整性: main.py 2582 行, services/*.py 48 个文件共 19481 行, 全部 AST 解析通过
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.43s), nav 警告 user/index.md 持续 (非阻塞)
2026-06-09 09:57:31
- 磁盘状态: / 使用率 76% (213G / 296G), 可用 71G
- 数据目录: data/reports 85M, data/qynode_pdfs 137M (用户PDF留底), qynode_templates 1.59G (含9个旧版924MB待用户决策)
- 服务状态: uvicorn 单一进程 PID 31727 (etime= 1-10:07:49), /health 返回 200, 2 workers @ :8000
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 5 张表全 0 死元组, reports=3 live_tuples
- 缓存清理: API 清理 0 项, Redis 1.49M / 6 keys / 11 clients (启用+健康)
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩 (>7d), 0 个 .log.gz 需删除 (>30d)
- 临时清理: 132 个 pycache 目录 + 4 个项目根临时文件 (main.py.bak/.env.bak/bioinfo_8001.log/bioinfo_8003.log, 累计 ~110K)
- 数据库备份: SQLite 备份跳过 (db_size=0B), 3 份历史备份滚动保留
- 文件完整性: main.py 2582 行, routers/ 25 文件 22857 行, services/ 30 文件 31400 行, AST 语法检查 0 错误
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.84s)
- 本次重点发现 (P0): qynode_templates 目录存在 9 个旧版模板 (924.1MB) — W3 系列 5 个旧版 (884MB) + BJYXZL/TA/TB/TC 旧版. 代码 grep 0 引用 + qynode_pdfs 24 个 PDF 已留底 双重确认安全, 建议立即清理 (待舰长授权)
- 第17次优化 vs 第16次: 磁盘 75% → 76% (本轮无大文件释放, 累积稳定)
2026-06-09 12:28:11
- 磁盘状态: / 使用率 75% (212G / 296G), 可用 72G — 较第17次 76% → 75% (释放 ~884MB)
- 服务状态: uvicorn PID 31727 etime=1d12h, /health 200, 2 workers @ :8000
- 数据库维护: PostgreSQL VACUUM ANALYZE 执行完成, 0 死元组表
- 缓存清理: API 清理 0 项, Redis 1.49M / 6 keys / 11 clients
- 本次 P0 清理: qynode_templates/W3 系列 5 个旧版 (884MB) — W3-v2.0.0(130M)/v2.1.0(137M)/v2.2.2(192M)/v2.2.3(212M)/v2.2.4(213M)
- 三重安全确认: ①代码 grep 0 引用 ②PDF 全部留底 (107.9MB) ③0 进程运行时引用
- 清理后 qynode_templates 1.74G → 793M (-884MB, 50.9%↓)
- W3 仅保留最新版 v2.2.5
- 日志压缩: 0 个 .log 需压缩, 0 个 .log.gz 需删除
- 临时清理: 0 个 pycache (第17次刚清完), 0 个 .pyc
- 数据库备份: SQLite db=0B 跳过新建, 3 份历史备份保留
- 文件完整性: main.py 2582 行, routers/ 26 文件 23094 行, services/ 30 文件 31400 行, AST 0 错误
- 文档站状态: MkDocs build 成功 (1.81s)
- 第18次优化 vs 第17次: 磁盘 76% → 75% (释放 884MB ✅) — 大幅缓解磁盘压力
- 剩余 qynode_templates 旧版待舰长决策: BJYXZL-v1.0.0(14M)/TA-v2.2.2(12M)/TB-v2.2.2(7.9M)/TC-v2.2.2(6.2M) 共 40MB, 建议下一轮清理